Si ipotizza che un nucleo abitato esistesse già in epoca preistorica, ma tracce inconfutabili non ne sono ancora state rinvenute.
I romani giunsero a Como per la prima volta nel 196 a.C., ma è da credere che solo 150 anni dopo (all'epoca di Giulio Cesare) sia iniziata una loro marcata presenza nel territorio prealpino. Nonostante gli scarsi reperti romani rinvenuti, Balerna doveva essere a quei tempi abbastanza importante visto come, con il diffondersi del cristianesimo (V secolo), divenne capo-pieve. Attorno al 570, dopo la sanguinosa guerra tra Goti e Bizantini, iniziò l'occupazione del Longobardi la cui presenza è attestata a Pontegana in un documento dell' VIII secolo.
Ai Longobardi seguirono i Franchi (fine secolo VIII); Balerna entrò allora a far parte del Comitato rurale del Seprio che a seguito del suo smembramento divenne quindi proprietà del Vescovo di Como (Castellanza di San Pietro). Nella prima metà del secolo XII il Comune di Como si sostituì al prelato e, durante la guerra decennale fra Como e Milano (1118-1127) i milanesi espugnarono ed in parte distrussero la rocca di Pontegana. Numerosi furono, dalla metà del Trecento all'inizio del Cinquecento, i “passaggi di proprietà” della pieve. Nel 1521 il Comune divenne stabile possesso dei Cantoni elvetici costituendo un baliaggio insieme con Mendrisio.
Balerna perse via via l'importanza avuta in epoca medievale a seguito della progressiva creazione di parrocchie indipendenti nelle varie località (la prima a Vacallo nel 1573; l'ultima a Monte nel 1821).
I landfogti confederati governarono su Balerna fino al 1798 quando, sotto i colpi francesi, l'antica Confederazione crollò ed il Mendrisiotto cessò di essere baliaggio. Esigenze di spazio non permettono di descrivere gli importanti avvenimenti di quegli anni: basti citare le continue minacce francesi di annessione al Regno italico culminate con lo “scandaloso” voto favorevole del Gran Consiglio ticinese (31 luglio 1812). L'esito disastroso della spedizione napoleonica in Russia «salvò» però Balerna ed il Mendrisiotto.
All'inizio dell'Ottocento il Ticino era più che mai povero e Balerna divise le sorti e le peripezie del neonato Cantone, caratterizzate da frequenti eccessi di faziosità politica, esasperate da una situazione economico-sociale disastrata (nessuna industria degna di questo nome, massiccia emigrazione, agricoltura di sussistenza, …). Povertà, fame, condizioni igieniche spaventose (si ricordino le epidemie di colera e la mortalità infantile che raggiungeva il 25%) tingono di scuri toni la vita dei nostri avi durante buona parte del XIX secolo. Soltanto negli ultimi lustri la situazione tese a migliorare. La ferrovia (la stazione di Balerna fu inaugurata nel 1880) esercitò un benefico influsso sull'economia comunale; incrementò la lavorazione dell'argilla e favorì il sorgere di alcune piccole industrie (sigari, cemento, case vinicole, …). Balerna ebbe anche l'onore di essere sede provvisoria della neocostituita Amministrazione Apostolica Ticinese: Mons. Eugenio Lachat risiedette nell'esistente palazzo vescovile dal 2 agosto 1885 al 1° novembre 1886.
Il Novecento è caratterizzato, oltre che da un discreto sviluppo industriale, dalla vicinanza con Chiasso e dalle attività del settore terziario insediate nella regione. Da comunità “rurale”, Balerna è passata in pochi decenni ad essere comune “residenziale" registrando, tra il 1960 ed il 1970 un aumento della popolazione del 27.8% “sacrificando” circa il 15% del suo territorio alle vie di comunicazione (stazione ferroviaria internazionale, autostrada).
Dagli anni Settanta Balerna ha poi registrato un brusco calo demografico, così da arrivare a stabilizzarsi sulle cifre attuali (3’500 abitanti). Nonostante questo assestamento nel numero di cittadini, il Comune ha dato avvio in quegli anni alla costruzione di numerose infrastrutture pubbliche di rilievo (Centro anziani, la scuola dell’infanzia, la scuola di musica, la seconda palestra, ecc.).
Oggi il Comune si adopera per il mantenimento del livello qualitativo delle proprie infrastrutture e dei propri servizi, non disdegnando ulteriori investimenti a favore della popolazione e delle società del paese (nuovi campi da calcio, nuova palazzina della Scuola Media, Centro climatico a Bosco Gurin, ecc.).
Il Comune di Balerna, pur avendo alle spalle secoli di storia a volte travagliata, oggi come in passato persegue l’obiettivo di garantire alle attuali e nuove generazioni un’eccellente qualità di vita.